自2002年开工以来，南水北调东线工程就陷入治污之困，资金投入节节攀升。据估计，到2013年前，用于治污的资金将达238.4亿元。而截至去年底，已经投入的治污资金高达150多亿元。随着2013年通水时间的逼近，东线的治污进入加速期。
近日，环保部、发改委等六部委联合印发《重点流域水污染防治“十二五”规划编制大纲》，其中在淮河流域大纲中称，南水北调东线沿线污染严重，部分水质甚至为劣V类（无用脏水）。看来，在接下来的两年里，东线工程实现“一江清水向北流”的愿景并不轻松。
环保部规划设计院原院长夏青曾是南水北调东线治污规划的总负责人，他向《每日经济新闻》记者称，南水北调东线的重点在山东。据了解，在淮河全流域筛选出的17个优先控制单元中，对南水北调工程有直接影响的有7个单元区域，其中6个在山东。受到污染的这些河流，部分注入了途经的南四湖，另外，周围的约有53条大小河流，源源不断为其提供“污水”，使其水质为劣V类。
根据淮河流域大纲的数据，2005年至2009年，南水北调东线沿线水质有所改善，劣V类水质断面比例从54%下降至23%。但这并不乐观，在同样的时间段，“各年度水质超标率分别为85%、77%、77%、82%、85%，尚不能满足调水要求。”
南水北调东线沿线分布着大量造纸、化工、煤炭、制药等企业，尽管关闭、取缔了许多，依然有相当数量的污染大户“坚挺”。以山东济宁湖段控制单元为例，目前该区域仍有7家造纸企业。其平均排放浓度远超过南水北调东线水质要求，对输水水质造成威胁。此外，在一度整治工业污染的同时，农业面源的污染日益严重，氨氮已成为首要污染因子。
