一、我国国有企业年任会计报表审计中存在的问题
1，审计的独立性有待于进一步加强。由于体制的原因，我国国有企业虽然表面上建立了现代企业制度，但由于股权过分集中，国有股占绝对控股地位（目前国有企业中国有股平均占有67．7％的股份），所以，企业的董事会和经营者大部分由国家委派，有的企业甚至董事长和总经理由一人兼任，从而存在董事会和经理层重叠现象，至于监事会则形同虚设。在这种情况下，审计委托人和被审计入都是国有产权的代理人，往往他们的利益是一致的，从而造成审计的独立性不强。
2，主管财政机关对注册会计师审计的抽查比例偏低。根据《国有企业年度会计报表注册会计师审计暂行规定》第二十三条规定，对已经注册会计师审计的会计报表，企业主管部门应建立抽查制度，抽查比例不得低于10％。在实际工作中，抽查比例一般在10％-15％之间。然而，存在问题的审计工作远远超过这一比例，这也使得注册会计师和企业经营者在审计过程中共谋做假被查出的风险大大降低。
3，在实际工作中，存在多头审计和重复监督的问题。一般来说，国有企业年度会计报表主要报送国有资产管理局。财政部门、税务部门、工商部门、计委等政府部门，以满足这些政府部门各自的需要。而有些政府部门（如财政、税务、审计等）常常在注册会计师已出具审计报告的情况下，仍然可能直接对国有企业进行检查监督。此外，有些国有企业的日常工作过程中有财政专管员进行审计的实际作用不大。这种多头审计和重复监督使审计关系复杂化，也在一定程度上降低了注册会计师审计的权威性。
4，注册会计事务所的行为有待规范。自1981年第一家会计事务所（上海会计师事务所）成立至今不过短短的二十年的时间，无论是相关的法律规范，还是从业人员的业务素质，都有待进一步完善和提高；另外，由于国有企业法人治理结构存在缺陷及审计市场的竞争越来越激烈，很容易导致注册会计师违心迎合经营者的心理和意愿，发表有利于企业经营者的审计意见，有的注册会计师甚至帮助企业做假帐，极大地损害了注册会计师的整体形象。同时，也大大降低了注册会计师审计的权威性。
6，国有企业年报审计具有一定的特殊性，但目前注册会计师只能根据财政部发布的会计报表格式，依照独立审计准则及其他执业规范，对国有企业进行审计。国有企业的特殊性一方面表现在其历史遗留问题较多，不良资产长期挂帐，常有隐含的潜在损失等，另一方面表现在国有企业年报审计的重点、程序、报告与一般企业年报审计有所不同。
二、针对以上问题可以采取的措施
1，改变委托方式。针对目前国有企业法人治理结构存在的问题，“内部人控制”现象较普遍的现状，应该改变由企业作为审计委托人的做法，可以让有权代表国有产权的有关机构（如国有资产管理部门、国有资产经营公司等）来行使审计委托权。只有这样才能解决审计委托人和被审计人合二为一的问题，只有这样才能保证审计工作的独立性。
2．改变审计费用的支付方式。对正常的审计费用，采取企业上交审计委托人，然后由审计委托人支付给审计人的办法。这种支付方式有以下好处：避免审计人和被审计人之间直接的利益关系，使注册会计师能秉公办事，减少审计入与被审计人之间的幕后交易；从根本上解决审计收费难的问题。到于抽查的审计费用依然依照“谁委托，谁付费”的原则，委托费由主管理财政部门负担。
3，加强注册会计师事务所审计资格
的认定工作，并对其进行严格的监管。鉴于目前我国大部分注册会计师事务所规模偏小的现状，应鼓励其合并，增强注册计师事务所的审计实力。注册会计师务所应具备为企业提供管理建议书和询服务的能力。
4，制定一些针对国有企业特点的年会计报表注册会计师审计具体准则，便注册会计师在国有企业审计中参照行。在对国有企业的审计过程中应特主意企业是否违反《会计法》和有关财方面的法律法规，是否存在私设帐簿人为调节利润的行为。
5，应该采取措施防止多头审计和重监督的问题，提高注册会计师审计的成性，同时减少企业的负担。
